인간의 장 안에는 다양한 종류의 세균 장내미생물(microbiota)이 공생하고 있다. 최근 연구결과들에 따르면 장내미생물이 비만과 대사에 상당히 큰 영향을 끼칠 수 있다고 한다. 아커만시아 무시니필라(Akkermansia muciniphila)는 인간의 장 내에서 가장 많이 발견되는 장내미생물 중 하나인데 비만이나 당뇨병 환자에서 A. muciniphila양이 확연히 줄어든 게 관찰된다. 반대로 A. muciniphila를 경구 투여하면 인슐린 저항성, 지방 생산 그리고 이상지질혈증(dyslipidemia)을 줄일 수 있다고 보고되었다. 특히 이 균은 저온 살균(pasteurization)을 하고 투여하여도 효과를 보였고, 균에서 정제된 막 단백질인 Amuc_1100만을 쥐에게 경구투여를 하여도 비만을 완화시킬 수 있다고 보고되었다. 메커니즘은 아직 정확히 밝혀지지 않았지만 아마도 toll-like receptor 2(TLR2)와 결합하여 하류 신호전달에 영향을 주기 때문이라고 생각된다. A. muciniphila 외에 Bifidobacterium, Staphylococcus, Enterobacteraceae, Prevotellaceae 등 다양한 장내미생물들이 비만과 연관성이 있다는 결과들이 보고되고 있다. 그러나 아직까지 이런 다양한 장내미생물이 어떤 식으로 비만에 연관되어 있는지는 아직 명확하게 밝혀지지 않았다.